Il nucleo abitativo delimitato dalle mura aveva poi delle propaggini esterne caratterizzate da borghi aggregati attorno ad attività artigianali e/o religiose. Ad est era collocato il borgo Allocco, lungo la direttrice di flusso del Monticano, dove grazie allo sfruttamento dell'energia idromeccanica si insediarono le prime attività artigianali legate alla lavorazione della lana; sempre ad est, ma sulla direttrice stradale per Ceneda e Sacile vi era il Borgo Vecchio; ad ovest, sulla direttrice stradale per Treviso, il Borgo di S. Antonio e quello di S. Caterina.

Nel XIII secolo vennero eretti numerosi monasteri che testimoniavano un'intensa attività artigianale ed agricola, oltre che assistenziale: il convento di Santa Maria Mater Domini che era posto a monte del Borgo Vecchio conglobava nel suo interno orti e coltivazioni pregiate; quello dei Padri Umiliati di San Polo, che svolse un ruolo trainante per l'economia coneglianese visto che attivò la lavorazione della lana sfruttando l'energia idrica del Monticano; a ponente il convento di San Francesco dei Frati Minori (spostato all'interno della cerchia muraria nel 1411), il convento di S. Antonio e l'ospizio della Ca' di Dio; venne anche fondata la Scuola di S. Maria dei Battuti, ricostruita con l'annessa chiesa nella Contrada Grande nel 1348.

Nel XIV secolo avvenne la più ampia ristrutturazione difensiva della città che sotto la dominazione della signoria degli Scaligeri (1329-1337), venne protetta da una cinta di fortificazioni su tre piani: uno intorno al castello, un altro che separava il castello dal borgo, e uno a valle che cingeva il borgo, a sua volta protetto a sud dallo scavo di un fossato, chiamato Refosso, nel quale vennero fatte convogliare le acque del Ruio e del Monticano.

Un ulteriore intervento nella fortificazione fu compiuto durante la seconda dominazione veneziana per mezzo di una cinta quadrangolare (bastita) di terrapieni e fossati che racchiuse il Borgo Vecchio ed il mercato.